Министерству здравоохранения Российской Федерации переданы функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере здравоохранения, обращения лекарственных средств, обеспечения их качества и безопасности, медицинской помощи и медицинской реабилитации, фармацевтической деятельности, санитарно-эпидемиологического благополучия населения, медико-санитарного обеспечения работников отдельных отраслей экономики с особо опасными условиями труда, медико-биологической оценки воздействия на организм человека особо опасных факторов физической и химической природы, а также по управлению государственным имуществом в сфере здравоохранения, оказанию государственных услуг, включая оказание высокотехнологичной медицинской помощи, проведение судебно-медицинских и судебно-психиатрических экспертиз.
Координация деятельности Федерального фонда обязательного медицинского страхования возложена на Минздрав России.
Этим же документом Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения и социального развития переименована в Федеральную службу по надзору в сфере здравоохранения, которая остается в ведении Минздрава, как и Федеральное медико-биологическое агентство.
Стоит отметить, что Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, которая ранее была подведомственна Минздравсоцразвития России, теперь переходит в непосредственное подчинение Правительства РФ.